海上保安庁は６月２８日、沖縄県久米島町の硫黄鳥島（いおうとりしま）から西約１３２キロの日本のＥＥＺ内で、「科学」が海中にワイヤを伸ばしているのを確認。台風の接近に伴って３０日に退去したが、７月１４日に再び現れ、１６日まで調査を継続した。

政府関係者によると、海保が調査の中止を求めたが、「科学」は左舷に搭載したＲＯＶを海中に投入し、１時間程度で回収するという作業を繰り返した。無許可調査の実態が明らかになるのは異例。ＲＯＶは有線式で水中カメラやロボットアームを装備し、調査船からの操作で海底を掘削して堆積物を収集できる。

現場は沖縄トラフ中部の水深約１千メートルの海域で、海底には「伊平屋北（いへやきた）フィールド」がある。海底資源開発分野では、海底から熱水と一緒に噴き出した金属が堆積してできる海底熱水鉱床として世界最大規模を誇ると考えられており、海洋研究開発機構（ＪＡＭＳＴＥＣ）が平成２４年３月、銅や亜鉛、鉛などを含む鉱石「黒鉱（くろこう）」を採取したとする掘削調査結果を発表している。

海保は２６年４月にも同海域で「科学」による調査を確認。当時、中国共産党傘下のニュースサイト、中国網日本語版は、ＲＯＶを使って海底から熱水とともに黒煙が噴出する様子を確認したとする「科学」担当者のコメントを掲載し、生物・地質サンプルを収集したと報じた。

日本政府はこれらの調査結果が学術論文として発表されていることも確認。今回の調査手法が２６年と酷似していることから、サンプル採取が目的だったとの見方を強めており、現場周辺の経年変化などを確認した可能性があるという。